Con anterioridad a la constitución formal de Arco Latino, existía una pluralidad de experiencias de cooperación transfronteriza entre las provincias mediterráneas de Italia, Francia y España. Sin embargo, en algunos casos, esta cooperación entre territorios limítrofes entre estados se mostraba insuficiente para hacer frente a retos mayores. Contando con el auspicio de la política regional europea, y dada la necesidad de hacer del Mediterráneo occidental un área de influencia y de interés estratégico, así como su adecuación a una iniciativa comunitaria específica, se planteó la creación de un partenariado que superara los límites estatales.

Arco Latino surge, a propuesta del Conseil General des Alpes-Maritimes, en diciembre de 1999, como respuesta a ese reto y como instrumento para desarrollar y consolidar dinámicas de cooperación más estables y de mayor impacto que las iniciativas existentes hasta la fecha.

Arco Latino es un buen ejemplo de cómo, una vez superada la etapa de intercambios de experiencias, las colectividades territoriales manifiestan su voluntad de liderar iniciativas propias que vinculen a su territorio.

Tras una primera reunión, en Marsella, en la que participaron 32 administraciones, se convoca la primera Asamblea General (Barcelona, junio de 2001), en la que 37 administraciones firman la Declaración Común, primer posicionamiento político y documento de referencia de la red.

A partir de ese momento, los esfuerzos de Arco Latino se centran en adquirir personalidad jurídica, dotarse de una estructura común estable y asegurar la continuidad territorial del espacio del Mediterráneo occidental. Y así, con el fin de asegurar la implicación de los representantes políticos de los diversos territorios que conforman el espacio de Arco Latino, se organizan seminarios en Sevilla, Nîmes y Roma (marzo de 2002).

Los estatutos fundacionales de la Asociación fueron suscritos por 56 administraciones, en junio de 2002, con motivo de la Asamblea General constitutiva de Arco Latino celebrada en Montpellier. En dicha Asamblea, el Presidente de la Diputació de Barcelona fue nombrado primer Presidente de la Asociación, junto con el resto de miembros del Consejo de Administración y la constitución de una Secretaría Permanente (dividida en una Secretaría Estratégica coordinada por el Conseil General de l’Hérault, una Secretaría Técnica coordinada por la Provincia di Roma, y tres Secretarías Territoriales coordinadas por la Diputación de Sevilla, la Provincia di Genova y le Conseil Général de l’Hérault respectivamente).

Durante la Asamblea General de Barcelona (noviembre de 2004), se renovaron los cargos del Consejo de Administración y se eligió una nueva presidencia, el Conseil Général de l’Hérault, así como la constitución de una nueva Secretaría Permanente coordinada por la Diputació de Barcelona.